В целях предупреждения и ликвидации заразных и массовых незаразных болезней животных проводится комплекс диагностических исследований, ветеринарно-профилактических, лечебных, противоэпизоотических мероприятий.
Из диагностических исследований проводятся отбор проб биоматериала (крови, мочи и т.д.) с последующими лабораторными исследованиями для своевременного выявления и ликвидации бруцеллеза, лейкоза, сапа, инфекционной анемии лошадей, случной болезни. 
Копрологические исследования проводятся с целью контроля качества дегельминтизации и установления диагноза на инвазионные заболевания. С целью недопущения заражения животных и человека туберкулезом, сапом аллергическим методом исследуется крупный рогатый скот (туберкулинизация), лошади (маллеинизация).
Из средств специфической профилактики проводится вакцинация животных против сибирской язвы (крупный рогатый скот, мелкий рогатый скот, лошади, северные олени), эмфизематозного карбункула (крупный рогатый скот), трихофитии (крупный рогатый скот, пушные звери, плотоядные), сальмонеллеза (крупный рогатый скот, свиньи, пушные звери), рожи (свиньи), классической чумы (свиньи), лептоспироза (свиньи, крупный рогатый скот, мелкий рогатый скот, лошади), хламидиоза (крупный рогатый скот), чумы (плотоядные), колибактериоза (пушные звери), бешенства (плотоядные).
В связи с обострением эпизоотической обстановки в Российской Федерации по африканской чуме свиней, бешенству, сибирской язве животных и возникновением угрозы заноса этих заболеваний на территорию округа бюджетным учреждением ХМАО-Югры «Ветеринарный центр» приняты к исполнению планы мероприятий по недопущению возникновения и распространения указанных болезней на территории автономного округа.
Для предупреждения вспышек инфекционных заболеваний, ранее не регистрируемых на территории округа, ветеринарными специалистами проводится отбор проб биоматериала (сыворотки крови, мочи и т.д.) для мониторинговых исследований: на африканскую чуму, грипп птиц, классическую чуму.
Специалисты БУ «Ветеринарный центр» ведут активную пропаганду ветеринарных знаний среди населения, владельцев домашних мелких и сельскохозяйственных животных, владельцев крестьянских (фермерских) хозяйств, руководителей сельхозпредприятий, предприятий по переработке животноводческой (птицеводческой, рыбоводческой и т.д.) продукции путем бесед, выдачи памятных листовок, выступлений в СМИ. Своевременно полученная информация, необходимые знания позволяют предупредить возникновение и распространение многих инфекционных и инвазионных заболеваний, в том числе передающихся от животных человеку, что, в свою очередь, предупреждает возникновение эпизоотий и эпидемий.
Охрана территории округа от заноса возбудителей заразных болезней также осуществляется посредством контроля ввозимых в округ и вывозимых за его пределы животных, животноводческих грузов, проверки наличия соответствующих сопроводительных документов на животных и продукцию животного происхождения. При ввозе животных применяются карантинные мероприятия, включающие в себя изолированное содержание завезенных животных, проведение необходимых диагностических исследований, ветеринарно-профилактических мероприятий.
Большую роль в деле обеспечения ветеринарно-санитарного и эпизоотического благополучия играют не столько экстренные противоэпизоотические мероприятия по недопущению и ликвидации эпизоотий, сколько проводимая плановая профилактическая работа, направленная на все факторы: биологические, природно-географические и социально- экономические.
Показателем эффективности работы ветеринарных специалистов является достижение эпизоотического благополучия Ханты-Мансийского автономного округа – Югры, в первую очередь, по социально значимым болезням: бруцеллез, ящур, туберкулез, лептоспироз и т.д., а также экономически значимым: африканская чума свиней, грипп птиц, лейкоз крупного рогатого скота и т.д. Недопущение возникновения и распространения особо опасных болезней позволяет достигнуть существующая в Ханты-Мансийском автономном округе - Югре система планирования и контроля над выполнением противоэпизоотических мероприятий.